Flyhangarer er ekstremt store bygninger, og deres brandsikkerhedskrav er meget høje. Brandbeskyttelse i hangarer anvender typisk systemer som f.eks. skumslukningssystemer med høj-ekspansion. Baseret på bygningsarealet af brandsektioner er flyhangarer klassificeret i klasse I (5001㎡-50000㎡), klasse II (3001㎡-5000㎡) og klasse III (mindre end eller lig med 3000㎡). Flyparkerings- og vedligeholdelsesområder skal tilhøre forskellige brandsektioner fra tilstødende hjælpeproduktionsbygninger (såsom kontorbygninger, vedligeholdelsesværksteder og flydelelagre).
Når fly opbevares i hangarer, skal de fortøjes i henhold til flyvedligeholdelsesmanualen, og der skal sørges for nødvendig beskyttelse af kritiske komponenter såsom motorer, landingsstel og pitotrør for at forhindre indtrængning af fremmedlegemer eller skade fra hårdt vejr.

